Chaque cours d'eau est classé par arrêté préfectoral en fonction de ses caractéristiques. Les cours d'eau de première catégorie (dite « salmonicole) correspondent aux rivières de tête de bassin : leur pente est forte, leur minéralisation et leur teneur en nutriments sont faibles. Les cours d'eau de seconde catégorie (dite « cyprinicole ») sont assimilés aux cours d'eau de plaine : ils correspondent à des milieux de forte productivité aux habitats nombreux et à l'importante variété d'espèces associées.